Trường THPT Trấn Biên được thành lập tháng 8/2003 trên cơ sở tách ra từ trường THPT Ngô Quyền. Năm học đầu tiên 2003 – 2004 Đoàn trường có 46 chi đoàn (45 chi đoàn học sinh và 01 chi đoàn giáo viên). Năm đó, Đoàn trường không tổ chức Đại hội mà Thành đoàn TP. Biên Hòa ra quyết định chuẩn y Ban chấp hành; chức danh Bí thư và Phó Bí thư. Từ năm học 2004 – 2005 trở đi, mỗi năm trường đều tổ chức Đại hội Đại biểu Đoàn TNCS Hồ Chí Minh và đều có 46 chi đoàn như năm mới thành lập.
Trải qua 9 năm thành lập và trưởng thành, với Ban chấp hành đoàn trường là những đồng chí có tinh thần trách nhiệm, nhiệt tình trong công việc. Lực lượng Đoàn viên thanh niên đông đảo, ham học hỏi, năng động, sáng tạo… Đoàn trường THPT Trấn Biên đã khẳng định vị trí của mình trong công tác Đoàn và phong trào thanh niên trường học trên địa bàn TP Biên Hòa – Đồng Nai
Nguyễn Thế Mạnh – Bí thư đoàn trường.
Xác định được vai trò tiên phong của tổ chức Đoàn trong nhà trường, Đoàn trường THPT Trấn Biên luôn chủ động xây dựng kế hoạch tổ chức các hoạt động phù hợp với trình độ, tâm lý lứa tuổi của học sinh.. Đoàn trường đã tổ chức nhiều hoạt động bề nổi cho ĐVTN tham gia. Bên cạnh đó Đoàn trường còn xây dựng những chương trình, cuộc thi có chiều sâu kiến thức cho học sinh tham gia thường xuyên vào các ngày thứ 2 đầu tuần, các ngày lễ lớn trong năm học. Đoàn trường cũng đã tham gia rất nhiều các phong trào do cấp trên tổ chức và đạt nhiều giải cao…
Với nền tảng đó, Đoàn trường sẽ luôn nỗ lực hết mình để xứng đáng là cánh tay phải đắc lực của Đảng CSVN, là một môi trường rèn luyện đoàn viên thân thiện, tích cực để đoàn viên có đủ điều kiện phấn đấu trở thành những thế hệ năng động làm chủ trong tương lai của địa phương và đất nước.